Das oberste Entscheidungsgremium von CafetierSuisse ist die Generalversammlung. An der Generalversammlung wählen die Mitglieder den Vorstand, welcher sich aus dem Präsidenten, dem Finanzvorstand und den Regionalvertreterinnen und Regionalvertretern zusammensetzt. Der Vorstand entscheidet über und überwacht die strategischen Zielsetzungen des Verbandes. Die Geschäftsleitung begleitet die Geschäftsführung in der operativen Führung des Verbandes und der täglichen Arbeit der Geschäftsstelle.
Die Vorstandsmitglieder von CafetierSuisse repräsentieren den Verband als Regionalvertreterinnen und Regionalvertreter in den Regionen der Deutschschweiz. Sie sind Ansprechpartnerinnen und Ansprechpartner des Verbandes vor Ort und vertreten CafetierSuisse gegenüber Partnerorganisationen und Verbänden, Behörden sowie den Verbandsmitgliedern. Sie engagieren sich in der Mitgliederwerbung und tragen die Anliegen/Themen aus den Regionen via Vorstand und Geschäftsstelle in den Verband.
CafetierSuisse pflegt partnerschaftliche Beziehungen zu vielen Verbänden, Institutionen, Entscheidungsträgerinnen und Entscheidungsträgern sowie Unternehmen. CafetierSuisse ist als unabhängiger Verband die „Fachgruppe Kaffee“ von GastroSuisse und arbeitet mit weiteren Verbänden wie dem Schweizerischen Bäcker- und Konditorenmeisterverband oder der SCA eng zusammen.